Beim AMA-Biosiegel hat die Hygiene sowohl der Produkte als auch der Produktionsstätten große Bedeutung. Zusätzlich zur "Guten Herstellungspraxis" und den Maßnahmen zur Vermeidung von Gesundheitsgefahren für Konsumenten (z.B. HACCP) stellt die AMA-Biosiegel-Richtlinie weitere Anforderungen. So werden von Schlachtbetrieben über gesetzliche Vorgaben hinausgehende Tierschutz- und Hygienekontrollen verlangt. Im Vordergrund stehen neben der Konsumentensicherheit die Verhinderung von Verunreinigungen aus Vorprodukten und von Reinigungs- und Desinfektionsmitteln auf das Bioprodukt. Reinigung und Desinfektion haben möglichst umweltschonend zu erfolgen
